De Warkense Molen is genoemd naar het eeuwenoude buurtschap Warken. In 1878 is in opdracht van de eerste molenaar Jannes Nijendijk de molen gebouwd.
De plek werd gekozen vanwege de aanwezige verhoging in het landschap, een stuwwal uit de laatste ijstijd. Hierdoor is er een goede windvang mogelijk. Ook was de van nature hogere plek aantrekkelijk om zo de bouwkosten te drukken. Er kon daardoor een achtkantige grondzeiler gebouwd worden. Dit wil zeggen dat het op de wind kruien en het voorleggen van zeil vanaf de grond kon worden uit gevoerd. De molen is een korenmolen en is vrijwel uitsluitend in gebruik geweest voor de productie van veevoer.
Er werd vee gehouden en er was een bakkerij.
Eind van de negentiende eeuw, tijdens de industrialisatie was er behoefte aan een grotere maalcapaciteit. Er kwam in 1899 een vergunning voor een petroleummotor. Vanwege de rieten kap en brandgevaar werd toen een gedeelte van de binnenkant van de molen betimmerd. De motor zorgde ervoor dat er ook met windstil weer gemalen kon worden. Later is men overgegaan op diesel en elektromotoren, deze werden geplaatst in een achter de molen gebouwde machinekamer. Rond 1950 werd de zogenaamde maalderij in gebruik genomen waar volledig mechanisch werd gemalen (de molen zelf raakte buiten gebruik). De molen van de familie Nijendijk heeft zo 4 generaties gefunctioneerd. In de jaren zeventig deed de vrijwillige molenaar Dik Abelskamp zijn intrede. 1988 was het jaar dat het veevoederbedrijf definitief beëindigd werd en kwam de vrijwillige molenaar Aloys Melenhorst bij de molen. In januari 1994 werd de molen door de familie Nijendijk overgedragen aan de in 1993 opgerichte “Stichting Warkense Molen”. Met veel hulp van de buurt en allerlei instanties zorgde de stichting ervoor dat de molen kort daarna de noodzakelijke restauratie kreeg. De molen is een rijksmonument. Het molenaarsambacht is sinds 2017 immaterieel cultureel erfgoed van de UNESCO.
